L’escalade des persécutions.
L’édit de Coucy laissait espérer aux réformateurs, dont Calvin, que le roi de France les entendrait. Mais l’année 1538 marqua un tournant dans la politique religieuse. En décembre, puis en juin 1539, François 1er ordonna que l’on poursuive les hérétiques. Il fallait en effet stopper la progression de l’hérésie au sein du royaume.

Aussi, depuis 1540, les procès en hérésie avaient sensiblement augmenté devant le Parlement de Paris. Les commissaires du Parlement firent preuve de zèle dans leurs arrestations, pas toujours justifiées…

Toutefois, tous les parlements de province ne montrèrent pas la même vigueur dans la poursuite de l'hérésie. Les vaudois connurent à nouveau persécutions, bûcher, bannissement. Certains durent leur salut, un temps, à l'intervention des protestants allemands et de Guillaume du Bellay.

Le massacre des vaudois (avril 1545).
Leur protecteur disparu, le nouveau président du Parlement de Provence fit tout pour attiser de nouvelles persécutions - effectivement, en 1545, François 1er ordonna une expédition contre les vaudois. Celle-ci tourna donc au massacre, au pillage. Des femmes, des enfants furent massacrés, brûlés. En fait, l'opération permit à certains (nombreux) de s'emparer des biens des vaudois…

Ceux qui n'avaient pas été massacrés, ou exécutés après procès, furent envoyés aux galères - nombreux étaient ceux qui furent jetés en prison, alors même qu'ils n'étaient pas vaudois !
François 1er se félicita de la réussite de l'opération. Mais, les protestants allemands et suisses protestèrent vigoureusement auprès du roi contre les atrocités commises.