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L’affaire Roussel : la menace de l’hérésie.
La faculté de théologie de l’Université de Paris repartit en guerre contre l’hérésie, dès 1531. L’aumônier de Marguerite de Navarre, Gérard Roussel fut accusé d’hérésie. Puis se fut au tour de Marguerite de subir l’hostilité de la faculté.

Jean Calvin
Le sermon de Cop (nov. 1533).
Dans ce contexte, le discours de Nicolas Cop, nouveau recteur de l’Université, pour la Toussaint 1533, fit scandale. Empreint d’humanisme, sans doute rédigé avec Calvin, les deux hommes durent se résoudre à quitter le territoire. Des arrestations s’en suivirent dans Paris - la faculté et le Parlement s’inquiétèrent de la progression de l’hérésie auprès du roi.

L’Affaire des Placards (18 octobre 1534).
En ce dimanche d’octobre, les parisiens découvrirent les affiches dénonçant les abus de la messe. Ce texte est sans doute dû à un français exilé en Suisse, aidé pour la distribution par quelques réformateurs en France. L’Affaire des Placards du 18 octobre 1534 semble montrer une radicalisation de certains réformateurs.
Les Placards provoquèrent une vive réaction de l’opinion publique, mais aussi de la part des autorités, car une campagne de persécutions s’en suivit contre les réformateurs. Nombre de suspects furent arrêtés, jugés - certains exécutés.
On prit diverses mesures de répression. La réaction du roi à l’encontre des hérétiques visait à faire cesser le trouble à l’ordre public. Les placards constituaient par leurs termes mêmes, une violente attaque contre le dogme de la foi catholique.
Le Parlement saisit l’occasion de l’affaire pour mener ses actions contre les évangéliques - même si parallèlement elles nuisaient à François 1er en Allemagne auprès de ses alliés protestants.
Roi très chrétien, il ne pouvait contester le bien-fondé des persécutions par le Parlement et la faculté de théologie.

Temple protestantL’Edit de Coucy (16 juillet 1535).
Les persécutions qui avaient suivi l’Affaire des Placards nuirent fortement à François 1er en Allemagne auprès des protestants. François dut assurer sa défense dans un manifeste justifiant sa position sur les persécutions et, vis-à-vis des Turcs.

Le 16 juillet 1535, par l’édit de Coucy, François 1er mit fin à la répression, le royaume était débarrassé de toute hérésie - les prisonniers religieux furent libérés, de même que les exilés étaient autorisés à rentrer.

Il poursuivit ses négociations en Allemagne afin d’obtenir un compromis, invitant même la faculté à prendre part au débat - ce qu’elle refusa catégoriquement, considérant que de ce débat ne pouvait être que source de division.