De 1542 à 1547, François 1er connaît une fin de règne difficile. Révolte de la Gabelle (1542). Fin 1542, François 1er dut lui-même se rendre à La Rochelle, face aux révoltés, s'opposant aux réformes de la Gabelle. Finalement, magnanime, François accorda son pardon, se montrant indulgent … en échange, tout de même d'une contribution en sel… dans une région, il est vrai, sous la menace anglaise (Guyenne et Saintonge). La réforme fut mise entre parenthèses (1543) et la contrebande se poursuivit. La reprise se la lutte contre l'hérésie. En 1542, François 1er admit que l'hérésie s'étendait malgré les mesures déjà prises. Une liste de livres mis à l'index fut publiée dès 1542. Furent aussi publiés les textes officiels de la doctrine à enseigner. Cependant, la réforme gagnait du terrain dans la société: dans la bourgeoisie, le bas clergé, les villes.     Emprunts royaux et réforme fiscale (1542-1546). Une fois encore, les dépenses de guerre de 1542 à 1546 explosèrent. Elle fut sans doute la plus coûteuse de toutes les guerres du règne. Il fallut aussi dépenser pour la flotte… et fortifier le nord-est pour prévenir les invasions. Des expédients furent utilisés pour remplir les caisses du royaume. Clergé et villes furent mis à contribution. Il est vrai aussi que la corruption qui entachait toujours la collecte des impôts "faisait disparaître" près de la moitié du produit des impôts ainsi collectés !… On eut bien sûr recours aux emprunts auprès des banquiers lyonnais, mais aussi italiens, allemands. Le conflit entre 1542 et 1546 poussa à poursuivre les réformes fiscales afin d'améliorer le contrôle, la collecte, l'utilisation des fonds collectés.